中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席胡錦濤首先向獲得2009年度國家最高科學技術獎的中國科學院院士、復旦大學數學研究所名譽所長谷超豪和中國科學院院士、中國航天科技集團公司高級技術顧問孫家棟頒發獎勵證書，並同他們熱情握手，表示祝賀。隨後，胡錦濤等黨和國家領導人向獲得「國家自然科學獎」、國家技術發明獎、國家科學技術進步獎和中華人民共和國國際科學技術合作獎的代表頒獎。

 中共中央政治局常委、國務院副總理李克強主持大會。中共中央政治局委員、國務委員劉延東在會上宣讀了《國務院關於2009年度國家科學技術獎勵的決定》。

 香港特別行政區科學家再次顯示實力，共有4間香港院校的學者取得 7 個獎項（詳見附表）。特別是在體現原始創新能力的自然科學獎方面，獲獎的 28 項研究中有 6 項與香港學者相關，其中 3 個項目的第一完成人是香港院校的學者，成績斐然，顯示香港院校科研成果突出，備受國家的重視。同時，也反映香港學者與內地院校及科研機構學者的合作日益深入，充分發揮了兩地學者的優勢，聯合攻關，取得了可喜的合作成果。

 京港學術交流中心從 1988 年 11 月起，先後受國家自然科學獎勵辦公室和香港特區政府的委託，在香港宣傳及推介國家自然科學獎，辦理香港地區人士推薦或申報國家自然科學獎項目的登記、初步形式審查和諮詢服務等事項。至今為止，該獎接受香港地區人士申報的工作已進行 16 次 (1989 年至 2009 年 ) ，累計接受申報項目 128 個，其中 33 個項目獲獎。歷年獲一等獎的項目 1 個，二等獎的項目共有 17 個。